El Covenant rumbo a la Tierra
Halo 2 se sitúa casi un mes después de la destrucción del primer Halo (en Halo: Combat Evolved). En el comienzo del juego, el Jefe Maestro y Cortana son premiados por sus acciones en Halo, mientras que, en Gran Caridad, la ciudad flotante del Covenant, los Altos Profetas de la Verdad y de la Piedad acusan de hereje al Comandante Sangheili Thel ‘Vadamee y es castigado por permitir que el Jefe Maestro destruyera Halo (la Instalación 04) y por el escape de los Flood.
Cuando se hace la premiación en la Estación Cairo, se dan cuenta que una flota Covenant se acerca a la Tierra, por lo que Lord Hood le dice a la Comandante Miranda Keyes (hija de Jacob Keyes, quien murió en la Instalación 04 a manos del Flood) que aborde su nave y detenga la invasión; Lord Hood se muestra desencajado por la flota tan reducida del Covenant que se acerca a la Tierra siendo sólo 15 naves de línea, asegurando que la flota que destruyó Reach era 50 veces más grande, pero al detectar naves de abordaje “por montones” deduce que la estrategia del Covenant es inutilizar los Cañones MAC para que las naves de línea tengan vía libre a la Tierra, por lo que le pide a John-117 que proteja la Estación Cairo del Covenant.
El Covenant aborda la estación y planta una bomba, pero el Jefe logra detenerla e incluso se la devuelve a una de las naves cruceros del Covenant. Una sola nave logra llegar a la Tierra. En esa nave está el Profeta del Pesar, que va directo al sur de África, hacia Nueva Mombasa. En ese momento, el Jefe y Johnson (superviviente de Halo: Combat Evolved) llegan ahí con la intención de abordar el trasporte del Profeta del Pesar, pero son derribados por un Scarab que ataca la ciudad al que finalmente destruye el Jefe Maestro en Nueva Mombasa. Mientras hacen esto, ven que la nave de Pesar está huyendo.
La comandante Keyes en su nave recoge al Jefe y se aventuran a seguir al profeta. Mientras tanto, en Suma Caridad, los profetas le otorgan perdón al comandante con la condición de que sea el nuevo Inquisidor (este era el único puesto en el que él podía seguir sirviendo ya que estaba deshonrado), él acepta, comprometido a destruir a los herejes. Él y una flota de Phantoms se dirigen a una instalación Forerunner, en el planeta de Threshold, donde un grupo de herejes se instaló, intentan perseguir a su cabecilla, descubriendo que hay Flood en la instalación.
El surgimiento del Inquisidor
Una vez que lo encuentran, el hereje les dice que no se dejen llevar por las palabras de los profetas. En esto aparece 343 Guilty Spark (que también sobrevivió a la explosión de Alpha Halo). El hereje le dice al Inquisidor que gracias al Oráculo (343 Guilty Spark) pudo ver la verdad. El Inquisidor rehúsa hacer caso y mata al hereje. En esto, Tartarus (cabecilla de los Brute) captura al Oráculo y le dice al Inquisidor que se suba al Phantom.
Mientras tanto, el ejército Humano llega a una parte de la galaxia y se enteran que el profeta del Pesar ha descubierto un nuevo Halo. Ellos se disponen a matar a Pesar antes de que algo peor pase. Antes de llegar al templo donde se encuentra el profeta del Pesar, se enteran que este planea activar el anillo. En ese momento, Johnson y Miranda ponen rumbo a la Biblioteca para encontrar el Índice de Activación de Halo mientras el Jefe sigue a Pesar, cuando entra al templo Suma Caridad ha llegado a Halo con toda la flota del Covenant en con ella. En ese momento, el Jefe mata a Pesar, pero un Crucero Covenant destruye el templo y el Jefe cae al agua, donde es capturado por un Gravemind.
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Después de lo sucedido, los dos profetas restantes toman medidas y revocan el cargo de guardianes a los elites y se lo dan a los brutes (ya que había muerto un profeta cuando estaba en la protección de los guardias elites). Esto despierta problemas en las filas dentro del Covenant, los profetas alegaban que los elites ya no garantizan su seguridad, pero que gracias al Oráculo, tienen una misión para ellos: encontrar el Índice en la Biblioteca y llevárselo a los Profetas.
Ya que llegan ahí, son recibidos por fuertes medidas de seguridad Forerunner, todo esto para evitar que escape el Flood, pero los humanos infligieron esto y el Flood escapó, el Inquisidor logra escabullirse a la biblioteca y se da cuenta de que Johnson y Miranda están ahí, pero el Inquisidor usa su camuflaje y tantea e inhabilita a Johnson, y desarmó a Miranda pero ella lo deja herido. En esto, llegan los Brutes. Su cabecilla Tartarus le dice que los Profetas le han ordenado desaparecer a los Elites, así, el Inquisidor es lanzado al vacío, mientras captura a Johnson y Miranda y se queda con el Índice.
Gravemind, la mente maestra tras el Flood
Cuando el Jefe despierta, ve que está en las garras de una criatura llamada Gravemind. Esta le dice que es un Flood apresado por los Forerunners desde hace muchos siglos, también capturó al Inquisidor y le dice que los Profetas le han mentido sobre Halo, para esto le dice que el Gran Viaje del Covenant y la activación de la instalación es lo mismo, que lo que los profetas pretenden es un suicidio en masa. El Inquisidor se niega a creerlos, pero Gravemind le dice que tiene que buscar el indice para evitar esto, lo mismo le dice al Jefe. El Jefe llega a Suma Caridad donde le da caza al Profeta de la Verdad por toda la ciudad. Después de liberar a unos marines prisioneros, la Fragata UNSC In Amber Clad sale del desliespacio en plena ciudad y se estrella en una torre.
El Jefe atraviesa el mausoleo y es aquí cuando los reportes confirman presencia de Flood saliendo de los restos de la UNSC In Amber Clad. Tartarus y los cautivos Miranda y Johnson, que también se encuentran los profetas de la Verdad y Piedad consiguen llegar a los Phantom. Verdad encomienda a Tartarus que active el anillo mientras ellos abordan una nave Forerunner que el Covenant poseía. Entre tanto los Flood hacen acto de presencia ante ellos y atacan al profeta de la Piedad. El profeta Verdad lo deja morir, Tartarus se lleva a Miranda y Johnson; y pide que los separen uno en cada Phantom, mientras el Jefe interroga al moribundo de Piedad, que le dice que la nave Forerunner se dirige a la Tierra para exterminar a la raza humana por completo.
El jefe tiene que escapar de ahí antes que el Flood se expanda por la ciudad, pero Cortana le menciona que no puede acompañarlo ya que si Tartarus lograra activar Halo no quisiera arriesgarse a una activación remota de los motores de la In Amber Clad para destruir la instalación. El Jefe se abre paso por la ciudad infestada de Flood y le promete a Cortana que volverá a por ella y aborda la nave Forerunner que lo llevará a la Tierra. Mientras tanto, el Inquisidor con sed de venganza ayuda a sus hermanos Elites a destruir las fortalezas Brutes que buscan activar el anillo. Tras abrirse camino a través de múltiples barricadas Brutes se encuentra con el comandante Spec-ops Rtas ‘Vadum al que le informa de la muerte de los concejales.
Tartarus, El Inquisidor y La Guerra Civil Covenant
En ese momento, un Phantom llega a la sala de control y deja a Tartarus con Guitly Spark y Miranda como prisioneros. Tras eso, entran a una estructura donde salva a Johnson y a otros marines a no morir en manos de los brutes. Johnson le sugiere que deben unirse para derrotar a Tartarus, él acepta y aborda un Banshee, mientras que Johnson aborda un Scarab. Al llegar a la sala de control, descubren a Tartarus obligando a Miranda a activar el anillo (se necesita un humano para activar los anillos ya que son recuperadores/reivindicadores). En ese momento habla 343 Guilty Spark pero Tartarus le ordena callarse.
El Inquisidor le dice al Monitor que le diga a Tartarus la verdad sobre Halo, entonces el monitor le dice que el anillo fue construido para evitar una infestación Flood, los Forerunners activaron los anillos hace mucho tiempo y murieron en el acto. Tartarus se niega a creerlo e intenta matar al Inquisidor, ademas de activar el anillo.
Pero el inquisidor logra matar a Tartarus, Miranda desactiva el anillo, pero hay algo mal, el Monitor le menciona que las instalaciones han pasado al modo espera y que están listas para ser activadas de un lugar remoto que menciona: es el Arca. Mientras tanto, la nave Forerunner llega a la Tierra con el Jefe adentro. Cuando Lord Hood le menciona qué estaba haciendo en la nave, el jefe responde: “Estoy terminando con esta lucha”.
Después de los créditos, se ve a Gran Caridad, la ciudad santa del Covenant infestado de Flood, mientras que Gravemind está apunto de interrogar a Cortana quien dice “Bien, dispara”, dejando el final abierto para Halo 3.
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